选择细胞和注释类型

通常的单细胞分析中会基于无监督分群的结果选择有相应marker表达的分群 注释为对应的细胞类型, 如特异表达CD3D的为T cell. 实际应用过程中 无监督分群的结果有时并不完美, 需要手动选择细胞进行注释. scSpotlight允许 用户使用两种方案选择感兴趣的细胞.

根据category选择

在右侧边栏的Category模块选择细胞分群信息(如seurat_cluster)后, 用户可以从Rename Cluster模块的Select Cells from Category下拉 菜单中选择相应的细胞分群(如选择1, 2, 对应了seurat_cluster中的cluster1和cluster2). 选择后右下脚会出现提示反映所选择的细胞数量. 用户可以在New Category Name 中输入需要新增的分组信息名称(如celltype), 在Assign As中输入所选 细胞对应的细胞类型(如 T cell), 那么所选细胞就会在celltype分组中被 注释为T cell, 其他的细胞注释为unknown.

使用套索选择

用户可以按住shift键启用套索工具选择感兴趣的细胞, 然后使用和上述一样的 方法注释所选细胞.