安装

在R中安装

用户可以从使用devtools 或者 pak 从GitHub上安装, 或者直接使用r-universe作为安装源. 我们推荐使用pak作为安装工具, 速度相对传统方式快很多, 两者都需要先从CRAN上安装相应的package.

# Install scSpotlight in R:
install.packages('scSpotlight', repos = c('https://obenno.r-universe.dev', 'https://cloud.r-project.org'))

# install.packages('pak')
pak::repo_add(scSpotlight = "https://obenno.r-universe.dev")
pak::pkg_install("scSpotlight")

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("obenno/scSpotlight@v0.0.3")

# install.packages("pak")
pak::pkg_install("obenno/scSpotlight@v0.0.3")

Docker

用户如果有安装docker, 也可以选择使用我们准备好的docker image. 拉取image使用如下命令:

docker pull registry-intl.cn-hangzhou.aliyuncs.com/thunderbio/scspotlight:0.0.3

在特定的端口(如8081端口)运行app, 请使用如下命令:

docker run -p 8081:8081 registry-intl.cn-hangzhou.aliyuncs.com/thunderbio/scspotlight:0.0.3 Rscript -e 'scSpotlight::run_app(options = list(port=8081, host="0.0.0.0", launch.browser = FALSE), runningMode="processing")'