查看基因表达

完成了细胞分群后, 单细胞分析中最频繁的需求应该就是查看基因表达了. scSpotlight 支持同时查看多个基因的Seurat::FeaturePlot, 也支持交互式展示的单个基因表达情况.

多基因表达

用户在右侧边栏Feature Expression模块可以输入多个基因的名字(symbol), 主界面 的细胞分群图会自动更新为这些基因表达的FeaturePlot.

用户可以展开信息栏查看输入基因的Seurat::DotPlot结果, 可以对照FeaturePlot和DotPlot 确认每个cluster的细胞类型, 例如下图中的cluster 2特异表达MS4A1 (CD20), 可以确认为 B cell.

单基因表达

用户在FeaturePlot中双击感兴趣的基因可以切换为单基因的表达. 类似Dotplot, 对于单个基因 可以在信息面板中查看这个基因的表达的小提琴图(Seurat::VlnPlot), 方便直观的确认这个 基因在各个cluster中的表达情况.